基因芯片平台 - 云顶娱乐旧版本

基因芯片平台

基因芯片平台

      Affymetrix GeneChip生物芯片检测系统,是由高密度GeneChip芯片和试剂,杂交、扫描仪器,数据处理和分析工具组成的一整套检测平台,是世界上第一种经欧盟和美国FDA审批的可用作体外诊断的芯片系统。

        Affymetrix GeneChip芯片系统的硬件平台由高度自动化的流体工作站、高通量芯片扫描仪,和相关探针序列描述和注释数据库等组成。高度自动化的处理减少手工操作时间,提高了数据重复性。配合使用不同类型的芯片,Affymetrix GeneChip芯片系统可用于RNA和DNA检测的多方面的应用研究。

 

       Affymetrix芯片采用原位光刻技术和严格的流程控制合成高密度基因芯片,可以在每平方厘米基片上合成超过400万的探针。Affymetrix原位光刻合成技术的原理:先将基片支持物(wafer)羟基化,并用对光敏感的保护基团将羟基基团保护起来。然后选取特制的光刻掩膜(photolithographic mask)覆盖在基片上,遮挡不需要合成的部位,暴露需合成部位。当光通过蔽光膜照射到基片上,需要合成探针的部位透光,受光照射部位的羟基脱保护而活化。加入3’端活化(5’羟基末端连接光敏保护基团)的单一一种核苷酸单体底物后,发生偶联反应。在一轮反应之后更换另一张光掩膜控制活化区域,并换另一种核苷酸单体实现在待定位点合成预定序列寡聚体。光掩膜设计和严格的工艺流程使制造的芯片具有高质量、高重复性和一致性,也确保了芯片上探针合成的极高密度。

 

                             
 

基因芯片类型(科研常用)

    RNA层面: 
                      mRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array
                                                   Affymetrix Clariom S array
                                                   Affymetrix Primeview array
                      miRNA芯片 ——Affymetrix miRNA 4.0 array(全物种)
                      lncRNA芯片 ——Affymetrix  Clariom D array
                      circRNA芯片 ——Affymetrix Clariom D array

    DNA层面:
                     SNP/CNV芯片——Affymetrix CytoScan HD array
                                                 Affymetrx CytoScan 750K array
                     甲基化芯片——— Illumina 850K

基因表达芯片分类

        3’IVT芯片只能检测转录本3’端的外显子,而WT芯片可以检测转录本中所有的外显子,可以准确反映基因的表达水平,可以分析可变剪接的发生。目前最新版的全转录组基因表达芯片是Clariom D 系列——一款神级表达谱芯片,它有三项技术革新:

        1. 全面检测——发现编码基因、lncRNA、环状RNA、外显子、microRNA(前体)以及可变剪切信息。
        2. 快速检测——轻松快速发现鉴定重要注释明确的基因与信号通路,实验周期缩短至1周。
        3. 大范围检测——可对血液、石蜡组织等降解样本,以及低至100pgRNA的微量样品进行转录组分析,充分挖掘样本信息。