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分析专题 | 生物信息学服务——全局信号转导网

来源:小博发布时间:2019-06-17

 利用数据库中KEGG、BIND、HPRD等信号传递通路,以及基因、蛋白质、化合物之间的作用关系,构建目标基因群中,基因与基因产物间的信号传递网络,通过信号转导网络得到基因间的相互作用关系,信号转导网络通过图论分析方法可以得到网络的核心调节基因,反映样本在全局层面的基因调节机制。

Demo:

图注说明:Node代表基因,红色代表上调基因,蓝色代表下调基因。Line代表两基因之间存在关系,不同的line类型代表不同的作用方式(如激活、抑制、磷酸化、去磷酸化等),箭头指向代表传入或传出(即可区分上游基因和下游基因)。

 

 

文章案例1:研究构建H2AX低表达A549细胞,与对照A549细胞进行表达谱检测,经差异分析和功能通路富集分析后,构建全局信号转导网络,根据属性值degree筛选排名前十的基因,进一步采用PCR验证。(芯片检测+数据分析由云顶娱乐旧版本提供)


参考文献:
Genome-wide transcriptional analysis of apoptosis-related genes and pathways regulated by H2AX in lung cancer A549 cells. Apoptosis. 2013 .

 

文章案例2:实验分为对照组 和SiNPs处理组,斑马鱼为研究对象,对两分组3:3样本进行表达谱检测, 经差异和功能通路富集后,进一步构建全局信号转导网络,筛选出核心的差异基因,并根据degree值及自身研究选择个基因(如jak1、jak2a)进一步验证。(芯片检测+数据分析由云顶娱乐旧版本提供)


参考文献:
Genome-wide transcriptional analysis of cardiovascular-related genes and pathways induced by PM2.5 in human myocardial cells. 2017. Environ Sci Pollut Res.

 

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